Coronavirus : Un nouveau génome de coronavirus identifié dans un groupe de cas de pneumonie – Wuhan, Chine 2019-2020

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  • Les agents pathogènes émergents et réémergents constituent de grands défis pour la santé publique (1). Un groupe de cas de pneumonie de cause inconnue s'est produit à Wuhan à partir du 21 décembre 2019. Au 20 janvier 2020, 201 cas de pneumonie en Chine avaient été confirmés. Une équipe de professionnels de la Commission nationale de la santé et du CDC chinois a mené des enquêtes épidémiologiques et étiologiques. Le 3 janvier 2020, le premier génome complet des nouveaux coronavirus du genre β (2019-nCoV) a été identifié dans des échantillons de liquide de lavage broncho-alvéolaire (BALF) d'un patient de Wuhan par des scientifiques de l'Institut national de contrôle et de prévention des maladies virales ( IVDC) grâce à une combinaison de séquençage Sanger, de séquençage Illumina et de séquençage nanoporeux. Trois souches distinctes ont été identifiées, le virus a été désigné comme 2019-nCoV et la maladie a ensuite été nommée nouvelle pneumonie infectée par un coronavirus (NCIP).





    Une analyse phylogénétique a été menée pour déterminer la relation entre les nCoV 2019 et d'autres séquences sous la Orthocoronavirinae sous-famille utilisant MAFFT v7.455 (Figure 1) (2), et l'inférence de vraisemblance maximale a été calculée à l'aide de PhyML v3.3 (3), en utilisant le modèle GTR + I + Γ de substitution nucléotidique et 1 000 répliques bootstrap. Les 2019-nCoV ont des caractéristiques typiques de la famille des coronavirus et ont été placés dans le Betacoronavirus Lignée 2b. Alignement des génomes complets de ces souches et des autres génomes disponibles de Betacoronavirus a montré la relation la plus étroite avec l'isolat de coronavirus de type SARS Bat Bat-SL-CoVZC45 (numéro d'accès: MG772933.1) (identité 87,99%). Les particules typiques de type couronne des 2019-nCoV peuvent être observées au microscope électronique à transmission (TEM) avec une coloration négative (www.gisaid.org). L'origine des nCoV 2019 est toujours à l'étude. Cependant, toutes les preuves actuelles indiquent que des animaux sauvages sont vendus illégalement sur le marché de gros de Huanan Seafood.








    Figure 1.
    Relations phylogénétiques entre les génomes des nouveaux types de Betacoronavirus et autre Orthocoronavirinae génomes. Les virus de la sous-famille Orthocoronavirinae ont été classés en quatre genres (prototype ou souches Refseq montrées): Alphacoronavirus (violet), Betacoronavirus (Orange), Gammacoronavirus (vert), et Deltacoronavirus (bleu). Clusters de sous-groupes classiques pour Betacoronavirus ont été étiquetés 2a – 2d. L'arbre était basé sur des génomes complets montrés ci-dessus en utilisant la méthode du maximum de vraisemblance sous le modèle GTR + I + Γ de substitution de nucléotides tel qu'implémenté dans PhyML. Les nouveaux types de Betacoronavirus, étiquetés d'étoiles rouges, ont été placés dans la lignée de Betacoronavirus 2b, qui contiennent les éléments suivants: virus de la bronchite infectieuse aviaire (AIBV), coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV), virus de l'hépatite de souris (MHV), virus de la diarrhée entérique porcine (PEDV), coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV ), Le coronavirus lié au SRAS (SARSr-CoV) et le coronavirus humain (HCoV).



    Plusieurs séquences génomiques complètes de 2019-nCoV ont été obtenues avec succès et publiées récemment via www.gisaid.org pour fournir un premier aperçu des caractéristiques moléculaires de ce pathogène émergent, et toutes les informations connexes ont également été signalées à l'Organisation mondiale de la santé (OMS) . Plusieurs tests de détection rapides et sensibles ont été développés par le CDC chinois et seront appliqués à la prévention et au contrôle de cette épidémie de 2019-nCoV.





    Disponibilité des données. Le nouveau Betacoronavirus la séquence du génome a été déposée dans GISAID (www.gisaid.org) sous le numéro d'accès EPI_ISL_402119, EPI_ISL_ 402020 et EPI_ISL_402121.