Coronavirus : Nouveau test pour trouver plus rapidement les personnes infectées

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Préoccupés par le nouveau coronavirus, James Lee et sa femme ont demandé des tests après leur retour à Oakland d'un voyage le mois dernier à Wuhan, en Chine, le centre de l'épidémie à propagation rapide qui a rendu malades 17391 personnes dans 24 pays, tuant 361 personnes.

Pendant six heures, le couple a été mis en quarantaine dans un établissement de soins d'urgence local et une salle d'urgence de l'hôpital, ne rentrant chez lui qu'à 1 h du matin. Leurs échantillons ont été envoyés au Centers for Disease Control d'Atlanta pour des tests. Ensuite, ils ont attendu deux jours pour voir s'ils étaient en sécurité.

Il existe un moyen meilleur et plus rapide, disent les scientifiques de la région de la baie.

En course pour construire un test de diagnostic des coronavirus et autres pathogènes mortels, le Dr Charles Chiu de l'UC San Francisco et la société de biotechnologie de Mammoth Biosciences Mammoth Biosciences font appel à CRISPR, le célèbre outil d'édition de gènes.

Rapide, précis et peu coûteux, l'outil utilisera la capacité de CRISPR à détecter des extraits du matériel génétique d'un virus pour détecter rapidement l'infection et aider à freiner la propagation de la maladie. Ils espèrent l'avoir prêt dans quelques semaines.

Un délai d'exécution rapide est essentiel en cas d'urgence comme le coronavirus, lorsque les patients doivent être isolés ou mis en quarantaine immédiatement. L'infection se propage dans des régions plus reculées de la Chine et du monde. Lundi, il y a eu 11 cas confirmés aux États-Unis, dont quatre dans la Bay Area, deux en Californie du Sud, deux en Illinois et un à Washington, Arizona et Massachusetts.

Ces cas pourraient être la pointe d'un iceberg, selon un article récemment publié dans la revue Lancet. En utilisant des modèles mathématiques, il a prédit que plus de 75 000 personnes à Wuhan pourraient avoir été infectées par le virus du 25 janvier – et les épidémies dans d'autres villes chinoises continueront de se propager de façon exponentielle en dehors de Wuhan.

«Les grandes villes d'outre-mer avec des liaisons de transport étroites avec la Chine pourraient également devenir des épicentres d'épidémie, à moins que des interventions de santé publique importantes à la fois au niveau de la population et au niveau personnel ne soient mises en œuvre immédiatement», a écrit le chercheur principal Joseph T. Wu de l'Université de Hong Kong. «Des épidémies auto-entretenues dans les grandes villes du monde pourraient devenir inévitables… en l'absence d'interventions de santé publique à grande échelle. Les plans de préparation et les interventions d'atténuation doivent être préparés pour un déploiement rapide à l'échelle mondiale. »

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À Wuhan, les résidents rapportent qu'il est presque impossible d'obtenir les soins de santé dont ils ont besoin pour diagnostiquer la maladie. Les médecins disent qu'il y a une pénurie de kits de test et d'autres fournitures médicales.

De plus, il existe de nouvelles preuves que certains patients ont propagé le virus pendant sa période d'incubation, qui peut durer 14 jours, avant l'apparition des symptômes. La semaine dernière, des scientifiques ont rapporté dans le New England Journal of Medicine qu'une femme d'affaires de Shanghai qui ne se sentait pas malade avait transmis le virus lors d'un voyage en janvier en Allemagne.

Cela soulève la possibilité que les gens puissent propager le virus avant de savoir qu'ils sont infectés.

"Ce que vous voulez faire, c'est tester les gens dans un lieu de soins – comme une clinique médicale, une salle d'urgence ou même un aéroport", a déclaré Chui. "C'est le motif de ce test."

En pratique, cela fonctionnerait comme un test de grossesse, avec des résultats en une à deux heures. Une bande de papier spécial serait plongée dans un échantillon contenant le système CRISPR. Si l'échantillon contient la séquence génétique du virus, il changerait de couleur.

Il pourrait même être lié à une application de téléphone intelligent. La personne pourrait passer le test à la maison, télécharger une photo de la bandelette de test une fois qu'elle change de couleur, obtenir les résultats de l'application et être ensuite connectée à un médecin.

Pour l'équipe de San Francisco, l'étape suivante consiste à démontrer que le kit de diagnostic CRISPR est efficace dans les cellules infectées par des coronavirus vivants. Ils attendent d'acquérir des cellules du CDC ou de l'état. Jusqu'à présent, ils n'ont pu étudier le virus qu'en analysant le code génétique publié par des scientifiques chinois. Jusqu'à présent, des recherches ont été menées sur des cellules synthétiques conçues en laboratoire.

Des tests concurrentiels sont également en cours de développement par d'autres sociétés, telles que la société de biotechnologie basée à Cambridge Sherlock Biosciences. Il utilise la technologie CRISPR développée par Feng Zhang et ses collègues du Broad Institute of MIT et de Harvard.

Actuellement, tous les échantillons potentiels de coronavirus sont envoyés aux laboratoires américains du CDC à Atlanta.

Le test du gouvernement utilise un grand outil coûteux et sophistiqué appelé Reverse Transcriptase PCR (RT-PCR), qui mesure la quantité d'ARN viral, une chaîne de cellules qui transportent des informations génétiques, dans les expectorations, le sérum ou le sang d'un patient.

Il faut du temps pour expédier un échantillon de patient à Atlanta, puis le traiter et publier les résultats. Pour accélérer la détection, le gouvernement améliore et standardise son test et prévoit de le communiquer à un nombre limité de services de santé de l'État. Mais ce test prendra encore du temps.

C’est l’une des raisons pour lesquelles les informations sur les cas suspects tardent à se confirmer.

CRISPR, conçu par Jennifer Doudna de UC Berkeley, a montré son potentiel pour réparer les gènes qui causent des maladies mortelles, ainsi que pour altérer les plantes, améliorer la nourriture, créer des biocarburants et même faire revivre des mammifères disparus.

Elle a découvert que les bactéries utilisent CRISPR – un acronyme pour «répétitions palindromiques courtes régulièrement espacées», ces étranges séquences répétitives et mystérieuses dans le code génétique – pour reconnaître les séquences génétiques des virus envahisseurs afin de pouvoir les hacher.

Mais cela peut être un outil de diagnostic, pas seulement un outil de hachage. Il peut être programmé pour agir comme une balise de référence sur les virus envahisseurs, plutôt que sur des ciseaux moléculaires.

CRISPR a l'avantage d'être facile à modifier selon les besoins, si un virus évolue et mute. Bien que le virus n'ait pas évolué de façon substantielle au cours de cette épidémie, les scientifiques veulent voir si son génome pourrait changer au fil du temps, affectant peut-être sa létalité ou sa capacité à se propager. Le test CRISPR pourrait également révéler comment le virus interagit avec le système immunitaire.

Après leur longue attente, James Lee et sa femme ont été soulagés d'apprendre qu'ils étaient négatifs pour le virus. En effet, elle était malade – mais sa maladie était une grippe de type A, pas un coronavirus.