Coronavirus : Le coronavirus contient des «insertions de VIH», attisant les craintes sur une arme biologique créée artificiellement

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Au cours des derniers jours, la presse grand public a vigoureusement repoussé une théorie sur les origines du coronavirus qui a infecté plus de 70 000 personnes à Wuhan (selon qui vous croyez). La théorie est que la Chine a obtenu le coronavirus via un programme de recherche canadien et a commencé à le mouler en une arme biologique à l'Institut de virologie de Wuhan. Politifact a pointé du doigt Zero Hedge, en particulier, bien que l'histoire ait été largement partagée par les médias indépendants.

La théorie est que le virus, qui a été développé par des experts en maladies infectieuses pour fonctionner comme une bio-arme, est originaire du laboratoire basé à Wuhan du Dr Peng Zhou, chercheur éminent en Chine des systèmes immunitaires des chauves-souris, en particulier dans la façon dont leurs systèmes immunitaires s'adaptent à la présence de virus comme le coronavirus et d'autres virus destructeurs. D'une manière ou d'une autre, le virus s'est échappé du laboratoire et le marché aux poissons du Hunan où le virus est censé provenir n'est qu'une ruse.

Maintenant, un épidémiologiste respecté qui a récemment pris le dessus pour avoir affirmé dans une menace Twitter que le virus semblait être beaucoup plus contagieux qu'on ne le pensait initialement, souligne des irrégularités dans le génome du virus qui suggère qu'il pourrait avoir été génétiquement conçu pour les besoins d'une arme, et pas n'importe quelle arme, mais la plus meurtrière de toutes.

Dans "Étrange similitude d'inserts uniques dans la protéine de pointe 2019-nCoV avec le VIH-1 gp120 et Gag", les chercheurs indiens sont déconcertés par des segments de l'ARN du virus qui n'ont aucun lien avec d'autres coronavirus comme le SRAS, et semblent plutôt être plus proches du VIH. Le virus répond même au traitement par des médicaments anti-VIH.

Pour ceux qui manquent de temps, voici les principales conclusions de l'article, qui se concentre d'abord sur la nature unique de 2019-nCoV, puis observent quatre séquences d'acides aminés dans le coronavirus de Wuhan qui sont homologues aux séquences d'acides aminés dans le VIH1:

Notre arbre phylogentique de coronavirus pleine longueur suggère que le 2019-nCoV est étroitement lié au CoV du SRAS (Fig1).

De plus, d'autres études récentes ont établi un lien entre le nCoV 2019 et le CoV du SRAS. Nous avons donc comparé les séquences de glycoprotéines de pointe du 2019-nCoV à celle du SARS CoV (numéro d'accès NCBI: AY390556.1). Après un examen attentif de l'alignement de la séquence, nous avons constaté que la glycoprotéine de pointe du nCoV 2019 contient 4 insertions (Fig.2). Pour étudier plus avant si ces inserts sont présents dans un autre virus corona, nous avons effectué un alignement de séquences multiples des séquences d'acides aminés de glycoprotéines de pointe de tous les coronavirus disponibles (n = 55) (voir le tableau S.File1) dans NCBI refseq (ncbi.nlm .nih.gov) cela inclut une séquence de 2019-nCoV (Fig.S1). Nous avons constaté que ces 4 insertions (inserts 1, 2, 3 et 4) sont uniques au 2019-nCoV et ne sont pas présentes dans d'autres coronavirus analysés. Un autre groupe de Chine avait documenté trois insertions comparant moins de séquences de glycoprotéines à pointes de coronavirus. Un autre groupe de Chine avait documenté trois insertions comparant moins de séquences de glycoprotéines à pointes de coronavirus (Zhou et al., 2020).

Nous avons ensuite traduit le génome aligné et a constaté que ces insertions sont présentes dans tous les virus Wuhan 2019-nCoV à l'exception du virus 2019-nCoV de Bat en tant qu'hôte (Fig.S4). Intrigués par les 4 inserts hautement conservés propres au 2019-nCoV, nous voulions comprendre leur origine. À cette fin, nous avons utilisé l'alignement local 2019-nCoV avec chaque insert comme requête contre tous les génomes de virus et pris en compte les hits avec une couverture de séquence de 100%. Étonnamment, chacun des quatre inserts alignés avec de courts segments des protéines du virus de l'immunodéficience humaine-1 (VIH-1). Les positions des acides aminés des inserts dans 2019-nCoV et les résidus correspondants dans HIV-1 gp120 et HIV-1 Gag sont indiqués dans le tableau 1.

Les 3 premiers inserts (insert 1, 2 et 3) alignés sur de courts segments de résidus d'acides aminés dans la gp120 du VIH-1. L'insert 4 aligné sur le VIH-1 Gag. L'insert 1 (6 résidus d'acides aminés) et l'insert 2 (6 résidus d'acides aminés) dans la glycoprotéine de pointe de 2019-nCoV sont 100% identiques aux résidus mappés au VIH-1 gp120. L'insert 3 (12 résidus d'acides aminés) en 2019-nCoV correspond à la gp120 du VIH-1 avec des lacunes (voir le tableau 1). L'insert 4 (8 résidus d'acides aminés) correspond au VIH-1 Gag avec des lacunes.

Pourquoi les auteurs pensent-ils que le virus peut être d'origine humaine? Parce qu'en regardant les insertions ci-dessus qui ne sont présentes dans aucune des familles de coronavirus les plus proches, "il est peu probable qu'un virus ait acquis naturellement de telles insertions uniques en peu de temps". Au lieu, ils peuvent être trouvés dans les protéines d'identification cellulaire et de liaison aux membranes situées dans le génome du VIH.

Étant donné que la protéine S de 2019-nCoV partage l'ascendance la plus proche avec le SRAS GZ02, la séquence codant pour les protéines de pointe de ces deux virus a été comparée à l'aide du logiciel MultiAlin. Nous avons trouvé quatre nouvelles insertions dans la protéine de 2019-nCoV- «GTNGTKR» (IS1), «HKNNKS» (IS2), «GDSSSG» (IS3) et «QTNSPRRA» (IS4) (figure 2). À notre grande surprise, ces insertions de séquences étaient non seulement absentes dans la protéine S du SRAS, mais n'ont également été observées chez aucun autre membre de la famille des Coronaviridae (figure supplémentaire). C'est surprenant car il est peu probable qu'un virus ait acquis naturellement de telles insertions uniques en peu de temps.

Les insertions ont été observées dans toutes les séquences génomiques du virus 2019-nCoV disponibles à partir des isolats cliniques récents. Pour connaître la source de ces insertions dans 2019-nCoV, un alignement local a été effectué avec BLASTp en utilisant ces insertions comme requête avec tout le génome du virus. De façon inattendue, toutes les insertions se sont alignées avec le virus de l'immunodéficience humaine-1 (VIH-1). Une analyse plus approfondie a révélé que les séquences alignées de VIH-1 avec 2019-nCoV étaient dérivées de la glycoprotéine de surface gp120 (positions de séquence d'acides aminés: 404-409, 462-467, 136-150) et de la protéine Gag (366-384 acides aminés) ( Tableau 1). La protéine Gag du VIH est impliquée dans la liaison de la membrane de l'hôte, le conditionnement du virus et la formation de particules de type viral. Gp120 joue un rôle crucial dans la reconnaissance de la cellule hôte en se liant au récepteur primaire CD4.Cette liaison induit des réarrangements structurels dans GP120, créant un site de liaison à haute affinité pour un co-récepteur de chimiokine comme CXCR4 et / ou CCR5.

Un bon récapitulatif des résultats a été fourni par le Dr Feigl-Ding, qui a commencé son fil explicatif en soulignant que le taux de transmission à l'extérieur de la Chine a dépassé le taux à l'intérieur de la Chine.

Mais le «  pistolet fumant '' dans ce cas sont des morceaux du code génétique du virus que les chercheurs indiens, dirigés par Prashant Pradhan à l'Institut indien de technologie, ont découvert avoir pu être «  intégrés '' au VIH, qui appartient à une famille de virus entièrement différente .

La punchline:

Pour être sûr, le Dr Feigl-Ding insiste sur le fait qu'il n'essaie pas de promouvoir des «  complots '' sur le fait que le virus est une arme biologique développée par les Chinois, bien qu'il soit difficile de trouver un nom propre pour ce qui semble être un virus artificiel et armé .

Un autre médecin est intervenu avec ce qu'il pensait être une explication solide des irrégularités du virus …

… Jusqu'à ce qu'il réalise quelque chose de dérangeant.

"Effrayant" … mais détendez-vous, c'est juste une autre "conspiration" ridicule.