Coronavirus : China Coronavirus Watch: Méthodes de transmission, voyage, mutation potentielle, connexion au SIDA démystifiée

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Par Lambert Strether de Corrente.

Voici le dernier tracker "Global Cases" de Johns Hopkins sur la propagation de # 2019-nCoV (j'utilise ce hashtag dans les proses, insted de Wuhan Corona Virus, ou Corona Virus, parce que je pense qu'il me donne les meilleurs hits sur le Twitter).

Il y a tout lieu de penser que les cas sont sous-déclarés, car les établissements de santé où le virus a été touché sont débordés et les kits de dépistage sont rares; voir l'histoire de la quête de 10 jours de Zhang Chi pour un traitement à Sixth Tone. («Heureusement, en tant que président d'un club de fans de football local comptant plus de 1 000 membres, Zhang avait beaucoup d'amis.» On ne peut donc que se demander comment vont les pauvres et la classe ouvrière.) Chiffres à part, l'évaluation du Lancet de la semaine dernière reste en vigueur:

Étant donné que 2019-nCoV n'est plus contenu dans Wuhan, d'autres grandes villes chinoises subissent probablement des épidémies localisées. Les grandes villes d'outre-mer avec des liaisons de transport étroites avec la Chine pourraient également devenir des épicentres d'épidémie, à moins que des interventions de santé publique importantes, tant au niveau de la population qu'au niveau personnel, ne soient mises en œuvre immédiatement. Des flambées indépendantes et autonomes dans les grandes villes du monde pourraient devenir inévitables en raison de l'exportation substantielle de cas présymptomatiques et en l'absence d'interventions de santé publique à grande échelle. Les plans de préparation et les interventions d'atténuation doivent être préparés pour un déploiement rapide à l'échelle mondiale.

Dans les liens de ce matin, j'ai donné un aperçu des nouvelles grand public # 2019-nCoV; voici un ajout de Bloomberg: «L'injection de 22 milliards de dollars de la Chine peut aider à alléger la déroute du marché mondial»

Une injection de 22 milliards de dollars sur les marchés chinois ne suffira pas à empêcher les actions et les devises du pays de baisser lundi, mais cela pourrait faciliter une vente mondiale déclenchée par la propagation du coronavirus.

C'est selon les analystes après que la Banque populaire de Chine et d'autres régulateurs ont annoncé une série de mesures pour consolider leurs marchés financiers lors de leur réouverture après les vacances du Nouvel An lunaire.

La banque centrale a déclaré dimanche qu'elle utiliserait des accords de rachat inversé pour fournir 1,2 billion de yuans de liquidités lundi, le chiffre atteignant 150 milliards de yuans (21,7 milliards de dollars) sur une base nette, selon les calculs de Bloomberg.

«C'est bien au-delà de la solution miracle», a déclaré Stephen Innes, stratège en chef du marché d'Axicorp à Bangkok. «Si ce déluge ne tient pas le risque à distance, nous sommes dans un coup colossal. En outre, la PBOC interviendra probablement sur le marché des devises, je m'attends donc à ce qu'elle couche le baume apaisant du marché épais et lourd. »…

Dans un scénario de confinement – avec un impact sévère mais de courte durée – cela pourrait ramener la croissance du produit intérieur brut du premier trimestre de la Chine à 4,5% en glissement annuel, selon Bloomberg Economics. Ce serait le chiffre trimestriel le plus bas depuis au moins 1992.

(Au moins selon David Harvey, la Chine a été la force qui a empêché l'effondrement mondial après notre grande crise financière. Si nous en avons une autre cette année – pas à l'horizon, je l'admets – il semble peu probable qu'elle sera en mesure de jouer ce rôle Encore une fois.) Quoi qu'il en soit, dans cet article, je vais rassembler certains des éléments les plus estoriques que j'ai glanés lors de mes voyages à la recherche de liens et en essayant de suivre la situation en général: méthodes de transmission, interdictions de voyager, danger de mutation, et le bioweapon CT. Je terminerai par une brève remarque sur les facteurs institutionnels.

Méthodes de transmission

Premièrement, il est possible que le virus soit transmis en touchant des surfaces. MedPage aujourd'hui:

(Maria Van Kerkhove, de la division des maladies émergentes et des zoonoses de l'OMS) a déclaré que les preuves indiquent que le virus peut être transmis par voie respiratoire, via des gouttelettes et par contact physique entre les personnes, mais aussi à partir de fomites, car le virus peut vivre sur des surfaces pendant une courte période de temps

Encadré pour le mot du jour: fomite:

Tout objet inanimé qui, lorsqu'il est contaminé ou exposé à des agents infectieux, tels que des bactéries pathogènes, des virus ou des champignons, peut transmettre la maladie à un nouvel hôte. En plus des objets en milieu hospitalier, d'autres boutons courants pour les humains sont les boutons de porte, les interrupteurs d'éclairage, les mains courantes, les boutons d'ascenseur, les télécommandes de télévision, les stylos et autres articles qui sont fréquemment touchés par différentes personnes et qui peuvent être nettoyés rarement.

Les chercheurs ont découvert que les surfaces lisses (non poreuses) comme les poignées de porte transmettent mieux les bactéries et les virus que les matériaux poreux comme le papier-monnaie parce que les matériaux poreux, en particulier fibreux, absorbent et emprisonnent la contagion, ce qui rend plus difficile la contraction par simple toucher.

Pour autant que je sache, il n'y a pas de cas de # 2019-nCoV avec des antécédents de transmission de fomite, nous devrons donc nous tourner vers d'autres virus pour obtenir des indications. Barre latérale de fin.

De l'American Society for Microbiology, «Significance of Fomites in the Spread of Respiratory and Enteric Viral Disease» (2007), une revue de la littérature:

Il est désormais de plus en plus évident que les surfaces ou les fomites contaminés jouent un rôle clé dans la propagation des infections virales.

Le virus transmis par contact de personne à personne peut être interrompu par l'isolement du porteur viral. Pourtant, l'isolement peut s'avérer peu pratique ou difficile s'il y a beaucoup de monde ou si la source de l'infection est inconnue (69). Par conséquent, l'interruption de la propagation de la maladie via des fomites d'intérieur est l'une des méthodes les plus pratiques pour limiter ou prévenir les infections virales entériques et respiratoires.

La majorité des virus respiratoires sont enveloppés (virus parainfluenza, virus grippal, RSV et coronavirus) et survivent sur des surfaces de quelques heures à quelques jours….

Des études ont démontré que le transfert viral des mains aux surfaces environnantes est possible dans 7 des 10 virus examinés. En règle générale, les données de recherche suggèrent qu'une grande partie des maladies entériques et respiratoires peuvent être évitées grâce à une meilleure hygiène de l'environnement, en mettant l'accent sur de meilleures pratiques de nettoyage des mains et des surfaces.

(Nettoyez donc vos claviers, interrupteurs, etc. en plus de vous laver les mains!) Pour un virus corona, mais pas spécifiquement # 2019-nCoV, de l'American Society for Microbiology, «Effets de la température de l'air et de l'humidité relative sur la survie des coronavirus sur les surfaces »(2010):

La réémergence potentielle du SRAS ou l'émergence de nouvelles souches de virus de la grippe pandémique, y compris les virus de la grippe aviaire et porcine, pourraient poser de graves risques de propagation de la maladie nosocomiale via des surfaces contaminées. Cependant, ce risque est encore mal compris, et plus de travail est nécessaire pour quantifier le risque d'exposition et de transmission possible associé aux surfaces.

De l'American Society for Microbiology, «Le coronavirus humain 229E reste infectieux sur les matériaux de surface tactile communs»:

Les coronavirus animaux qui «sautent sur l'hôte» vers l'homme entraînent des infections graves à mortalité élevée, comme le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et, plus récemment, le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS). Nous montrons ici qu'un coronavirus humain étroitement apparenté, le 229E, qui provoque une infection des voies respiratoires supérieures chez les individus en bonne santé et une maladie grave chez les patients présentant des comorbidités, est resté infectieux sur les matériaux de surface communs aux zones publiques et domestiques pendant plusieurs jours. La faible dose infectieuse signifie qu'il s'agit d'un risque d'infection important pour quiconque touche une surface contaminée.

Encore une fois, cependant, nous n'avons aucune sorte de données de cas, donc pour l'instant je mets cela dans la catégorie des choses dont on pourrait s'inquiéter (par opposition aux choses que l'on ne devrait absolument pas faire, comme se tenir à côté d'une toux) personne de Wuhan pour toute période de temps). De façon fascinante, l'article conclut:

Cependant, une inactivation rapide, une destruction irréversible de l'ARN viral et des dommages structuraux massifs ont été observés chez les coronavirus exposés au cuivre et aux surfaces d'alliages de cuivre.

Donc, si vos accessoires de salle de bain sont en cuivre, vous allez bien. Alternativement, on pourrait visiter le magasin local de maison et de jardin et expérimenter…. (Je plaisante! Les sprays de cuivre sont toxiques!)

La deuxième voie de transmission est un peu moins ésotérique: la transmission fécale. Encore une fois, de Bloomberg:

Le nouveau coronavirus a été détecté dans les selles molles du premier cas américain – une découverte qui ne figurait pas parmi les rapports de cas de Wuhan, en Chine, l'épicentre de l'épidémie. Cependant, cela ne surprend pas les scientifiques qui ont étudié les coronavirus, ni les médecins familiers avec le bogue qui a causé le SRAS.

Les latrines squat, courantes en Chine, sans couvertures et mains qui ne sont pas lavées à fond avec du savon et de l'eau après avoir visité la salle de bain pourraient être une source de transmission de virus, a déclaré (John Nicholls, professeur clinique de pathologie à l'Université de Hong Kong) , qui faisait partie de l'équipe de recherche qui a isolé et caractérisé le virus du SRAS.

Un panache d'aérosol chargé de virus émanant d'un patient atteint du SRAS souffrant de diarrhée a été impliqué dans des centaines de cas dans le complexe résidentiel Amoy Gardens de Hong Kong en 2003. Cela a conduit les chercheurs de la ville à comprendre l'importance de la propagation du virus dans le tractus gastro-intestinal et à reconnaître à la fois la limitation des masques faciaux et l'importance de la propreté et de l'hygiène, a déclaré Nicholls.

Je ne classerais pas exactement les masques comme des signaux de vertu, mais plus je lis, plus les mesures d'hygiène de base du XIXe siècle prennent le dessus. (Je ne sais pas si la matière fécale en tant que telle serait considérée comme un fomite, par opposition, par exemple, à la poignée en métal d'une toilette à chasse d'eau.)

Interdiction de voyager

De STAT News:

Les restrictions aux voyages et au commerce peuvent entraîner des conséquences économiques désastreuses pour les pays concernés, ce qui les dissuade de divulguer rapidement les flambées potentielles à l'OMS ou à d'autres pays. Ils peuvent entraver le partage d'informations, rendre plus difficile le suivi des cas et de leurs contacts et perturber la chaîne d'approvisionnement médical, ce qui pourrait alimenter la pénurie de médicaments et de fournitures médicales dans les zones les plus durement touchées par l'épidémie. Ils envoient également un message punitif, qui pourrait contribuer à la discrimination et à la stigmatisation contre les ressortissants chinois, ont averti les experts.

Tout effort et argent dépensé pour concevoir et faire respecter les restrictions de voyage et de commerce privent également les ressources déjà épuisées des mesures de santé publique qui se sont avérées beaucoup plus efficaces, ont déclaré des experts. Ces mesures consistent à fournir une assistance aux pays dont les systèmes de santé sont plus faibles, à accélérer la mise au point d'un vaccin ou d'un test de diagnostic rapide et à communiquer clairement avec le public quand et comment demander des soins.

Je dois dire que je suis de deux avis à ce sujet. J'accepte l'argument selon lequel une interdiction de voyager ne fera que ralentir, et non arrêter, l'accélération d'un virus (puisque les propagateurs originaux auront déjà été dans le pays). Et apparemment, les Chinois ont trop clairement interprété le message punitif de Trump. Pourtant, si l'augmentation de la distance sociale est une bonne méthode pour arrêter une épidémie, quelle distance sociale est plus facile à augmenter que celle entre les pays? (Une exception pourrait peut-être être faite pour les scientifiques et le personnel médical.) Par exemple:

(T) ravel a rendu le monde beaucoup plus interconnecté qu'en 2003, accélérant le taux d'infection. La Chine – le point de départ des deux virus – est devenue le plus grand marché du tourisme émetteur au monde et l'un des moteurs de l'économie mondiale. Dans les années qui ont suivi l'épidémie de SRAS, la capacité des compagnies aériennes mondiales en Chine est 3,8 fois plus importante qu'en 2005. Les vols en Chine représentent désormais 12% du total des sièges-kilomètres disponibles dans le monde contre seulement 5% il y a 15 ans, selon PlaneStats.com , Le portail de données aéronautiques d'Oliver Wyman.

Est le tourisme de masse cette important?

Le danger de la mutation

L'un des problèmes des épidémies virales est que les virus mutent, devenant parfois plus mortels. Malheureusement, il existe un moyen pour # 2019-nCoV de le faire. De, encore une fois, de l'American Society for Microbiology, «De nouveaux récepteurs de coronavirus (2019-nCoV) présentent des similitudes avec le SRAS-CoV, selon une nouvelle analyse» (30 janvier 2020):

Des études structurales d'une décennie par Fang Li de l'Université du Minnesota, et al. ont montré comment le virus du SRAS (SARS-CoV) interagit avec des hôtes animaux et humains afin de les infecter. La mécanique de l'infection par le coronavirus de Wuhan semble être similaire. Ces chercheurs ont utilisé les connaissances qu'ils ont glanées de plusieurs souches de SRAS-CoV – isolées de différents hôtes au cours d'années différentes – et des récepteurs de l'enzyme 2 (ACE2) convertissant l'angiotensine de différentes espèces animales pour modéliser les prédictions du nouveau coronavirus de Wuhan. (Les deux virus utilisent ACE2 pour pénétrer dans la cellule, mais il sert normalement de régulateur pour la fonction cardiaque.)

"Nos analyses structurelles prédisent avec confiance que le coronavirus de Wuhan utilise ACE2 comme récepteur hôte", ont écrit les enquêteurs. Cela et plusieurs autres détails structurels du nouveau virus sont compatibles avec la capacité du coronavirus de Wuhan à infecter les humains et avec une certaine capacité de transmission entre les humains.

«De façon alarmante», écrivent les enquêteurs. Pour cette raison, l'évolution du coronavirus de Wuhan chez les patients doit être étroitement surveillée pour l'émergence de nouvelles mutations à la position 501 dans son génome, et dans une moindre mesure, la position 494, afin de prédire la possibilité d'une épidémie plus grave que été vu jusqu'à présent.

Ulp. Excellent travail sur la science, cependant!

Non, le # 2019-nCoV n'est pas une arme biologique

Au moins un blog adjacent à la finance (pas celui-ci) a promu une préimpression bioRxiv intitulée «Similitude étrange d'inserts uniques dans la protéine de pointe 2019-nCoV avec le VIH-1 gp120 et Gag», contenant le passage inflammatoire «La découverte de 4 des insertions uniques dans le 2019-nCoV, qui ont toutes une identité / similitude avec des résidus d'acides aminés dans les protéines structurales clés du VIH-1, ne sont probablement pas de nature fortuite. »Ce document a maintenant été retiré. De Richard Sever, directeur adjoint de Cold Spring Harbor Laboratory Press, rédacteur en chef de CSH Perspectives, co-fondateur de bioRxiv:

Voici ce qu'une recherche en bioinformatique avait à dire sur le papier maintenant retiré:

Le génome 2019-nCoV ne contient pas de propriétés génomiques remarquables qui doivent être expliquées et pour lesquelles nous nous tournons vers une sorte de bio-ingénierie comme cause.

Le virus a un chevauchement de séquence proche de 96% avec un coronavirus de chauve-souris d'origine naturelle, et les coronavirus sont connus pour passer des chauves-souris aux humains par le biais d'intermédiaires auparavant, comme le coronavirus du SRAS. Les différences entre les séquences du génome, y compris celles identifiées par l'étude indienne, se situent dans des régions variables du génome que nous nous attendons à différer, et la différence de 4% dans les génomes est difficile à appeler «élevée» ou «faible». », Étant donné que nous ne savons pas exactement de quelles chauves-souris la souche 2019-nCoV est issue ou quand elle a divergé de son ancêtre connu le plus proche.

Il n'est pas non plus surprenant que les séquences connues de 2019-nCoV contiennent toutes les mêmes changements génomiques par rapport à un parent connu. Ils provenaient tous du même foyer du même réservoir animal, c'est-à-dire qu'ils n'ont divergé les uns des autres qu'il y a quelques mois au plus. Il n’est pas surprenant qu’ils n’aient pas beaucoup évolué les uns des autres.

La présentation clinique de 2019-nCoV n'a pas non plus de nouvelles caractéristiques qui doivent être expliquées. Son profil de symptômes, son degré de transmissibilité, sa gravité, son taux de mortalité, sa durée, son incubation et sa période de latence, sa capacité à passer de l'animal à l'homme et sa capacité à transmettre de manière asymptomatique et par contact cutané font tous partie des précédents établis par d'autres coronavirus humains.

Autrement dit, le génome 2019-nCoV et la façon dont il affecte les humains n'ont, en eux-mêmes, aucune anomalie particulière qui doit être expliquée.

(Pour en savoir plus sur les virus 2019-nCoV et corona de chauve-souris, cliquez ici.) De plus, dans Infection, Genetics and Evolution, «L'analyse génomique complète du nouveau virus corona (2019-nCoV) rejette l'hypothèse d'émergence à la suite d'une récente recombinaison un événement":

Les niveaux de similitude génétique entre le 2019-nCoV et (BatCoV) RaTG13 suggèrent que ce dernier ne fournit pas la variante exacte qui a provoqué l'épidémie chez l'homme, mais l'hypothèse selon laquelle le 2019-nCoV provient des chauves-souris est très probable. Nous montrons que le nouveau coronavirus (2019-nCov) n'est pas une mosaïque consistant en près de la moitié de son génome d'une lignée distincte au sein du bétacoronavirus.

Conclusion

Il y a eu beaucoup de réflexions sur la façon dont le gouvernement et le système de santé chinois ont géré l'épidémie (ou pandémie) # 2019-nCoV. Par exemple, du China Media Project, une critique médiatique très intéressante, «Comme une épidémie fait rage, qu'est-ce qui a gardé les médias occupés?». Il conclut:

Le 25 janvier, il y avait au moins deux informations sur l’épidémie dans la partie droite de la première page du Quotidien du Peuple. L'une ou l'autre de ces histoires aurait mérité la meilleure facturation sur la page, mais ce n'était pas le cas. La priorité a été donnée à la place à un rapport dans la série de propagande anti-pauvreté, «Le secrétaire général a visité Hour Home».

Au cours de cette période clé, du 21 au 25 janvier, de nombreux membres du parti, cadres et gens ordinaires étaient pleins de soupçons. Ils se sont demandé comment il se faisait qu'aucun membre du Comité permanent du PCC n'ait encore réussi à visiter les lieux de l'épidémie à Wuhan, ce qui s'était produit à la fois dans le cas de l'épidémie de SRAS et du tremblement de terre de Wenchuan en 2008. Quand les gens se sentaient effrayés et perdus, pourquoi tout cet accent était-il mis sur la paix et le bonheur?

Le blâme ne revient certainement pas aux épaules des rédacteurs en chef de ces journaux du Parti. Depuis le début de l’année, les pages des journaux du Parti chinois se sont vu attribuer leurs «sièges attribués». Les activités auxquelles participeraient les dirigeants avaient déjà été fixées et les thèmes à souligner étaient plus ou moins gravés dans la pierre. Inspections, salutations, condoléances, discours de banquet – tout était déjà prévu. Cela ne nuirait pas au prestige du «chef».

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Toute la tromperie et les erreurs de calcul qui se sont produites à la suite de la révélation de l'épidémie ont été une immense source de colère publique.

Cependant, les lecteurs de NC connaissent et ont exprimé une critique assez robuste du système de santé aux États-Unis. Pouvons-nous – un pays qui, jusqu'à l'année dernière, connaître une espérance de vie chuter – dire que nous ferions mieux que la Chine?

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